In de jaren 1999 en 2000 reed Hutting weliswaar wedstrijden, maar kon hij niet tippen aan de geleverde prestaties in de jaren daarvoor. Hij werd toen tweemaal tweede op het NK, in 1998 achter supertalent Thijs Al, die in 2001 zelfs tweede werd op het Europees Kampioenschap voor espoirs (renners onder 23 jaar). Ook reed Hutting in die jaren veel internationale wedstrijden waaronder Europese -en Wereldkampioenschappen. Eind 1998 werd hij aangereden door een auto waarna hij in het daaropvolgende seizoen rugproblemen kreeg. In 1999 werd hij nog wel 12e op het NK voor espoirs, maar reed hij verder in verband met zijn rug slechts weinig wedstrijden. In 2000 reed Hutting zelfs geen enkele wedstrijd en nam hij een jaartje rust. In het voorjaar van 2000 begon Hutting, na enkele maanden nietsdoen, weer rustig aan met zijn trainingen.
Op dit moment bereidt Hutting zich professioneel voor op het nieuwe seizoen. "Alles wijkt weer voor het fietsen. Ik train weer volop en ik ga er echt voor in het nieuwe seizoen", aldus Nathan Hutting. De student fysiotherapie vond in fietsenfabrikant Van Nunen Racing uit Etten-Leur een nieuwe sponsor die hem wil ondersteunen bij zijn comeback.
Andere sponsoren zijn onder andere Adidas eyewear, Northwave en Bio-racer. In 2002 onderbreekt Hutting zijn studie zelfs voor enkele maanden om zich helemaal op het mountainbiken te kunnen richten. "Doordat ik in de topsportklas Fysiotherapie van de Hogeschool van Utrecht zit kan ik dit seizoen toch volop trainen. Anders had ik namelijk mijn stage in gemoeten. Maar aangezien dit mijn laatste seizoen bij de espoirs wordt wil ik er toch nog een keer honderd procent voor gaan en kijken hoe ver ik kan komen". Hutting heeft reeds in het verleden bewezen tot de top van Nederland te behoren en hoopt voordat het nieuwe seizoen begint wat van de opgelopen achterstand ten opzichte van zijn concurrenten weggewerkt te hebben.
Nieuw in het seizoen 2002 is dat Hutting ook op de weg zal gaan koersen. Hij zal in de Neo-amateurs ploeg van wielervereniging Groenewoud uit Nijmegen zijn opwachting maken in het wielerpeloton. De weg zou eventueel ook een uitvlucht kunnen zijn voor Hutting als onverhoopt zijn rugproblemen weer de kop op zouden komen steken. "Maar op dit moment heb ik er alle vertrouwen in en lig ik goed op schema. Het is erg hard werken, maar dat heb ik er zeker voor over, hopelijk worden mijn inspanningen die ik nu doe met een aantal mooie prestaties beloond!"